北京大学医学部生物物理学系（教研室）创建于1959年，1960和1961年先后招收两届生物物理学科专业生（6年制），1978年招收第一批生物物理学科硕士生，1983年招收第一批生物物理学科博士生，1988年被评为当时高校唯一的生物物理重点学科，也是基础医学院仅有的四个重点学科之一。

生物物理学系自创建起，始终把教学作为自己的工作重点，先后为本科生与研究生开设了普通生物物理、分子与膜生物物理、细胞生物物理、生物控制论、实验核医学、生物膜与疾病、生物医学电镜方法、免疫电镜方法、生物电磁学和生物物理技术等三十余门课程。编写的教材《生物物理学》和《医学生物物理学》，不仅满足了本校学生的需要，并为其他院校所采用。

生物物理学系秉承北京大学的优良传统，注重学科发展和科学研究。近年来在国际刊物发表高水平论文多篇，包括《Cell》、《Cell Research》、《Nature Communication》、《Science Translational Medicine》、《ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION》、《EMBO Molecular Medicine》、《Science Advances》、《GENES & DEVELOPMENT》、《Developmental Cell》、《PNAS》、《eLife》、《Oncogene》等。

生物物理学系将不断地加强教学和科研改进工作，重视学科交流与合作，希望形成全方位多层次的学科发展格局，培养更多优秀的生物物理学人才。